Die hübsche Filialkirche „St. Johannes der Täufer“ in Kleinholzhausen wurde in den Jahren 1732 – 1740 von dem Hausstätter Baumeister Abraham Millauer erbaut. Der Neubau entstand an Stelle eines älteren abgebrochenen Gotteshauses aus dem 15. Jahrhundert und wurde von dem Auer Benefiziaten Stephan Meier, der von 1712 bis 1742 die St. Michaelskirche in Litzldorf betreute, in Auftrag gegeben.
Ursprünglich gehörte Kleinholzhausen wie Litzldorf zur Altpfarrei Elbach. 1458 wurde von Elbach die Pfarrei Au abgetrennt und Litzldorf wurde als Filiale von Au betreut. Kleinholzhausen gehörte zur Kreuztracht Litzldorf. Als Litzldorf 1892 zur Pfarrei erhoben wurde, kam auch Kleinholzhausen als Filialkirche zu Litzldorf.
Schon die lange Bauzeit an dem kleinen Kirchlein lässt erkennen, dass die Finanzmittel knapp waren und von der Dorfbevölkerung viel freiwillige Arbeit nach Feierabend zu leisten war, um das Werk zu vollenden. So entstand ein stattlicher Baukörper mit Steildach und westlichem achteckigem Dachreiter mit flachbogigen Schallfenstern und kleiner gedrungener Zwiebelkuppel, die auf einer niedrigen geschweiften Halbkuppel ruht.
Im geräumigen Saal wird mit schwachen toskanischen Doppelpilastern und breiten Quergurten eine kaum merkliche Aufteilung des Raumes bewirkt. Im flachen Spiegelgewölbe sind dekorlose, stuckgerahmte Felder sichtbar, Ovale und Rechtecke mit kräftiger Eckkehlung. Lediglich der halbkreisförmige Altarraum ist überwölbt, an dem sich die quadratische Sakristei mit Weißdecke und Walmdach anschließt.
Drei Fenster zu jeder Seite lassen die Kirche in einem freundlichen hellen Licht erscheinen, wozu auch das Rundfenster über der wohlproportionierten Empore der Westseite einen nicht unerheblichen Beitrag leistet.
Die Ostseite der Kirche wird ganz von einem überraschend mächtigen Hochaltar unter einer Kuppeleingenommen. Vier geschnitzte Rundsäulen und vier weitere Säulen im Halbrelief mit korinthischen Kapitellen stützen einen grazilen, geschwungenen Aufbau der in schönster Rokokomanier mit üppigem Schnitzwerk, Rocaillen und Rosengebinden in Vasen versehen ist. Eine Fülle von Putten und Engelsköpfe begleiten dessen Hauptfiguren. Den von einem reich geschnitzten Baldachin geschützten hl. Johannes den Täufer, auf Wolken halbsitzend, die Taufmuschel in der einen und den Kreuzesstab in der anderen Hand, zu seinen Füßen das Osterlamm; auf dem um das Kreuz geflochtene Schriftband sind die Worte des Johannes zu lesen: Ecce Agnus Dei – Seht das Lamm Gottes. Auch der hl. Josef mit dem Jesuskind auf dem Arm im Auszug des Altars hat seinen Platz unter einem feingeschnitzten, quastenbesetzten Baldachin erhalten.
Zwischen den Säulen auf beiden Seiten stehen in viel vergoldetem Holz die Figuren des hl. Petrus und des hl Paulus, während die beiden seitlichen eleganten Durchgänge mit den Schwerter schwingenden Wetterherren, der hl. Johannes und der hl. Paulus von Anton Niggl, Aibling, die von einem älteren Vorgängeraltar des Feilnbacher Kistlers Mösler 1722 stammen, besetzt sind.
Der Rokokotabernakel, der mit Voluten, Säulen und reicher Rocaille-Ornamentik versehen ist, birgt eine Skulptur des Herzens Jesu vor einem Strahlenkranz.
Die Entstehung des Altars wird dem Aiblinger Bildhauer Ignaz Stumbeck 1770 zugeschrieben. Um 1827 erhielt das Kirchlein eine schlichte, klassizistische Kanzel mit bekrönender Urne hinter den Tafeln mit den Zehn Geboten, die der Kistler Balthasar Fröhlich aus Feilnbach fertigte. An der Unterseite des Schalldeckels ist die Taube des Heiligen Geistes vor einem Strahlenkranz als Inspirator für den Prediger angebracht.
1827 schuf der Flintsbacher Maler Sebastian Rechenauer am Gewölbe des Altarraumes das Auge Gottes in der Engelglorie und die Evangelisten Matthäus und Johannes. Das Fresko stimmt mit dem Deckengemälde der Pfarrkirche in Ruhpolding überein, das Rechenauer im Jahre 1823 malte.
In den geschwungenen und ovalen Stuckkassetten an der Decke des Kirchenschiffs berichten die zentralen Fresken aus dem Leben des hl. Johannes des Täufers, sie werden rechts und links begleitet von den naiven Bildern der Evangelisten Markus und Lukas, der Wetterheiligen Johannes und Paulus und des hl. Martin sowie des Erzengels Michael. Sie stammen aus dem Jahre 1732, als Maler kommen Thomas Urscher von Neubeuern oder ein Schweinsteiger Maler in Frage und wurden im Jahre 1945 von dem Rosenheimer Kirchenmaler Max Falter restauriert.
Am zweiten Wandpfeiler auf der rechten Seite sind ein spätgotisches Vortragskreuz und eine schön gefasste Skulptur einer Gekrönten Madonna mit dem Jesuskind in der Linken und einem Szepter in der Rechten angebracht. Die Himmelskönigin steht auf der von der Schlange umwundenen Weltkugel. Es ist eine Arbeit von Anton Niggl, Bildhauer in Aibling Anfang des 18. Jahrhundert
Am ersten Wandpfeiler auf der linken Seite zeigt das Bild im prachtvollen Rocaillerahmen den hl. Aloisius von Gonzaga, den Schutzheiligen der christlichen Jugend. Darunter ist eine kleine gefasste Schnitzarbeit angebracht mit der hl. Anna, die Maria das Lesen lehrt aus der 1. Hälfte des 18. Jahrhunderts. Ebenfalls ein Bild aus dieser Zeit beschreibt die Geißelung und Dornenkrönung Christi mit sprechenden Schergen, denen die Worte als Schreibfahnen aus ihren Mündern quellen. Bei der Geißelung sind Maria und Johannes anwesend. Ein Folterknecht, der die Zunge herausstreckt, bespritzt Maria mit dem Blut ihres Sohnes mit den Worten: „Da hast ein handt voll pludt von din sohn.“ Der andere Henkersknecht, der Jesus die Dornenkrone aufs Haupt drückt, spricht: „Diße is so grob.“
Auf der rechten Seite stellt ein übermaltes ehemaliges Altarblatt Johannes den Täufer in einer Landschaft dar. Ebenso derb übermalt wurde 1893 die Steinigung des hl. Stephanus als kleine Kopie des Altarbildes von Caspar Amont in Flintsbach aus dem Ende des 17. Jahrhundert.
So bezeugt das Innere, eine sehenswerte bewegte Rokokoausstattung mit volkstümlichen Schnitzfiguren, den erlesenen Geschmack seiner Zeit. Der wertvolle bäuerliche Barock macht das etwas seitab liegende Kirchlein liebenswert und attraktiv und steht für die Frömmigkeit der Einwohner dieses kleinen Dorfes.
Die letzte, sehr liebevoll ausgeführte Renovierung, erfuhr das Kirchlein 1984 bis 1985, die die Dorfgemeinschaft mit großer Freude, Stolz und Dankbarkeit in einem besonders feierlich gestalteten Patroziniumsfest am 23. Juni 1985 begangen hatte. Seither wird das alljährliche Patroziniumsfest von der Kleinholzhausener Bevölkerung als Gartenfest ausrichtet und ist zu einem festen Bestandteil des regionalen Festkalenders geworden.